Lokalkontoret på Hvaler fører oppsyn med og driver naturveiledning knyttet til Ytre Hvaler nasjonalpark. Nasjonalparken er opprettet samtidig og ”vegg-i-vegg” med Kosterhavet nationalpark i Sverige. Til sammen utgjør disse områdene nesten 750 kvadratkilometer kystnære og marine områder. Det særegne kystlandskapet i de vernede områdene har lite infrastruktur og domineres av svaberg og vindpåvirket kystskog. Det biologiske mangfoldet er stort og omfatter mange artsgrupper. Også sjøbunnen er variert og rik, med grunne ålegrasenger, hardbunnsområder og dyp ned mot 470 meter, dominert av salt og kaldt dypvann som kommer inn fra Skagerrak. Flere kaldtvannskorallrev finnes, og spesielle bunnfredningsregler gjelder. Sjøpattedyr som niser og sel observeres ofte, og det er egne regler som verner sjøfugler og kasteområder for sel (der selene føder ungene sine). Områdene er mye besøkt, spesielt om sommeren.
SNO Hvaler har som oppgave å drive naturoppsyn med hjemmel i Lov om statlig naturoppsyn innenfor sitt oppsynsområde. Formålet er å ivareta nasjonale miljøverdier og forebygge miljøkriminalitet. Mer konkret medfører dette kontroll av bestemmelsene gitt i Friluftsloven, Naturmangfoldloven, Motorferdselloven, Kulturminneloven, Viltloven, Laks og innlandsfiskeloven og deler av Forurensningsloven. Det er også ansatt en egen naturveileder som har primæroppgaver innen veiledning og informasjon. I tillegg drives det skjøtsels-, registrerings- og dokumentasjonsarbeid.
Også andre verneområder i Østfold faller inn under arbeidsoppgavene, i nært samarbeid med SNO Halden.
